En los años 60s y 70s, aproximadamente 15 pediatras de la ciudad, se reunían con alguna frecuencia para considerar la posibilidad de construir una clínica pediátrica, una necesidad indispensable en la ciudad. Pero siempre surgía la voz discordante que decía que eso era una utopía y que no daría resultado alguno.

En ese entonces, los pediatras veían la necesidad de hospitalizar los pacientes en condiciones muy deficientes para la especialidad, pero la ubicación de las clínicas, en ese momento, era bastante distante. 

Ante esa situación, en 1981, tres pediatras; Fidel Rey Rey, Álvaro Africano Zafra, ya fallecidos y Reynaldo Rey Rueda, unieron fuerzas para emprender la construcción de una clínica pediátrica que permitiera centralizar consultorios, al mismo tiempo que los pacientes se encontraban hospitalizados. 

Se iniciaron las tareas de búsqueda para ubicar la clínica y finalmente se decidió que su construcción sería, justo en el lugar en donde nos encontramos ahora, la calle 48 con carrera 26. El inicio de esta obra estuvo bajo la dirección del arquitecto Ángel María Pradilla. 

El 2 de noviembre de 1983, la Clínica San Luis abrió sus puertas con 72 camas, que, al inicio, iban a ser exclusivamente, para pediatría y que, en su estructura, contaría con tres pisos; sin embargo, la construcción estaba bastante avanzada y el grupo de fundadores decidió crearla materno infantil, así que se amplió a 4 pisos. 

Una vez terminada la construcción, a esta propuesta se unió un grupo de obstetras conformado por los doctores Arides Alvernia Solano, Isaías Buenahora Arenas, Reynaldo Guerrero Ortega, Oscar Gómez León, Hernán Quijano Mulford y Enrique Sánchez Puyana, con quienes como co-fundadores se dio inicio a las actividades de la clínica.

Tres años más tarde, se hizo necesaria la ampliación de la clínica. Se construyó la sala de conferencias, el tercer piso sur, parte del segundo piso y la actual sala de partos, simultáneamente, se cimentó la Unidad Médica San Luis con 20 consultorios.

En 1997, se realizó una tercera ampliación, se construyó la Unidad de Cuidado Intensivo Neonatal, una de las más importantes del país e indiscutiblemente la mejor del oriente colombiano. Cuenta con 30 camas repartidas entre Cuidados Intensivos, Intermedios y Básicos, prestando un eficiente e invaluable servicio a los recién nacidos que la requieran.

Pero la clínica no solo se basó en la prestación de servicios pediátricos, sino también, en la atención a la maternidad. Este servicio se instauró, para atender desde un parto simple y sin complicaciones, hasta los embarazos de gran complejidad para los cuales hoy contamos con la Unidad de Medicina Materno Fetal, a cargo de calificados perinatólogos.

A partir del 2007, la clínica ha tenido diversas transformaciones, que incluyen la expansión del sótano para ofrecer servicios ambulatorios y del cuarto piso para trasladar el laboratorio y aumentar el número de camas. 

Finalizando el 2008, la infraestructura tuvo cambios que han representado un avance significativo en nuestra historia con la construcción del edificio nuevo, constituido por ocho pisos que han contribuido al desarrollo de nuestra organización, permitiendo el progreso de sus procesos y la ampliación del portafolio de servicios.

Así mismo, en el 2015 se materializó la construcción de la Unidad de Cuidados Intensivos para Adultos, con la intención de procurar el mejor y más completo servicio para la mujer y el niño, con el objetivo principal de ofrecer integralidad en el manejo del paciente adulto, atendido en nuestra institución y que amerite cuidado especial y vigilancia intensiva por patologías graves, que amenacen la vida del paciente y en ocasiones especiales, de la madre y su hijo.